2024第四届猛犸杯多组学生信开发者大赛是华大生命科学研究院、深圳国家基因库、崖州湾科技城管理局联合主办,面向全球招募参赛者,不限年龄、国籍和职业,所有高校、科研院所、企业从业人员等均可报名参加。竞赛的目的在于推动多组学分析工具和算法的快速发展,并降低工具使用门槛。大赛时间定于2024年5月到10月,采取线上初赛,线下决赛的方式进行,并设置作品提交奖、初赛人气奖和决赛奖三个奖项,届时将邀请业内专家参与评审,并于2024年10月24日在海南进行决赛的精彩对决。
赛题信息:
随着空间组学、单细胞组学和基因组学等前沿技术的飞速发展,多组学工具和应用在维度、深度、广度上都有了很大提升和发展。然而,由于开发语言、环境和封装等差异的原因,科研人员与高校学生在探索多组学数据分析时,常遭遇分析工具开发困难,工具使用门槛高的挑战。为克服这些挑战,主办方希望参赛选手在参赛平台上进行多组学工具的开发,创建和共享具有应用价值大,影响力高,易用性好的工具或工具系列。大赛秉持以赛促训、以赛促学、以赛促教、以赛促创的理念,通过比赛,激发研究者之间的创新思维和实践能力,促进科学研究与教育教学的融合,推动从科研到教育的全链条发展。
工具系列作品示例:
单细胞数据分析工具系列:
细胞注释(SingleR),差异分析(Seurat)和功能富集分析(clusterProfiler)。
SingleR是一种对细胞注释的分析方法,在进行细胞注释后,差异分析和差异基因的功能富集通常是最为常见的分析流程。因此,本实例通过SingleR基于参考单细胞数据集注释空间组学数据。例如,我们使用小鼠大脑皮质空间组学数据作为待注释数据,使用小鼠大脑皮层单细胞数据作为参考数据集进行注释,并且可视化,进而利用Seurat 软件包对注释结果进行差异分析,并利用clusterProfiler软件包进行功能富集分析。该流程实现了从注释到差异分析结果的解读,可以广泛用在其他的单细胞数据分析中。
示例作品链接(需先注册并登录):https://cloud.stomics.tech/#/public/tool/detail/notebook/NB0120240326WKEr0k/--
作品提交:
在参赛平台完成项目开发后,提交一份详细的工具/工具系列说明文档至DC竞赛平台(即完成开发后在此页面点击报名参赛并提交该文档),点击下载工具说明文档模板
文档内容包括但不限于:
工具/工具系列的信息:工具名称,如在开源的工具基础上开发,提交开源工具的GitHub链接工具的简要介绍
工具/工具系列说明:每个工具的简要介绍及使用步骤和方法
工具/工具系列的发布和链接:提交参赛平台项目链接,发布参赛平台公共库的工具链接(可含多个链接),包括使用的说明(项目描述或工具描述)、工具(需发布到公共库)、数据(无需发布,放在项目中)和工具生成的结果(如有,请提供,无需发布,放在项目中)
工具/工具系列的应用及应用成果描述(非必填):推荐将工具系列应用于具体数据,形成完整的数据挖掘报告,产出有生物学意义的结果(该结果所有权归创作者所有,仅评审不会用于其他方面,参赛无需发布结果)
工具/工具系列的改进和优化描述(非必须):如果基于开源工具,是否对开源工具进行进一步开发,对工具做了哪些开发改进,如在开源的工具基础上开发,相比开源工具是否有比较大的性能提升和资源节约,更广泛的适配机器资源等,如有,请做详细阐述(请确保在结果上与开源工具有一致性)
参赛平台的使用体验
初 赛:2024年5月15日-2024年8月15日
初赛评审:2024年8月16日-2024年9月14日
线上公投:2024年9月18日-2024年10月8日
线下决赛:2024年10月24日
暂时没有相关通知公告~
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